Ortaköy camiinin bulunduğu yer Beşiktaş bölgesinde Ortaköy’de sahilde bulunmaktadır. Sultan Ahmet Abdülmecit‘in oğlu Nikogos ile Garabet Balyan’a 1853 tarihinde yaptırmıştır. 1721 yılında Caminin içerisinde Nevşehirli Damat Ibrahim Paşa’nın damadı olan Mahmut Ağa tarafından ibadet etmek için mescit yaptırıldı.
1740 yılında Mahmut Ağa tarafından yaptırılan mescitin yerine ise Divittar yani özel kalem Mehmet Ağa sayesinde bu cami yapıldı. Fakat bu camide harap olunca Sultan Abdülmecid Han 1853 yılında şuanda duran camii’yi yaptırmıştır.
Caminin denize yakın olması denize doğru kaymasını sağlayınca 1960 yılında büyük bir onarıma alınmıştır. Bu onarımda tam 84 kazık ile 80 ton beton dökülerek caminin zeminine eklenmiştir. fakat 1984′de çıkan yangın yüzünden her tarafı hasar gördü ve yenilerek şimidiki halini almıştır.