Taş Medrese olarak bilinen Gedik Ahmet Paşa Medresesinin çevredeki eski eserlerin toplandığı 1 depo haline getirildi. Öğretmen Süleyman Gönçer, 1931 senesinde resmi müze deposu haline getirilen medreseye memur olarak atandı. 1933 senesinden 1970 senesine kadar karma müze olarak hizmet veren Afyon Müzesi, 1971 senesinde Müze Müdürlüğü ve Arkeoloji Müzesi’nin bulunduğu yeni binasına taşınmıştır.
1971 senesinden itibaren etnografik özellikli taş eserlerin deposu durumunda bırakılan Taş Medrese, 1978 senesinde başlatılan ve 1994 senesinde kadar süren onarımı, teşhir ve tanzimi sonucu 1995 senesinde Türk İslam Eserleri Müzesi olarak ziyarete açılmış, fakat binadaki giderilemeyen yoğun rutubetin eserlere zarar vermesi sebebiyle, 1996 senesinde kapatılarak eserler Müdürlük bünyesindeki depoya alınmıştır. Burada yeniden teşhir ve tanzimi yapılacaktır.